Quellhabitate stehen generell unter starkem Nutzungsdruck. Im Mittelland und Jura sind nur noch weniger als 1% der Quellen naturnah und unbeeinträchtigt. Doch auch in alpinen Gebieten werden Quellhabitate durch Nutzungen beeinträchtigt.

Quellhabitate stehen generell unter starkem Nutzungsdruck. Auch in alpinen Gebieten werden Quellhabitate durch diverse Nutzungen beeinträchtigt oder gänzlich zerstört. Vermutlich werden sich die künftig zu erwartenden Klimaveränderungen zusätzlich negativ auf die kaltstenotherme Quellfauna auswirken. Faunistisch werden Quellen von einer eigenen, speziell angepassten Invertebratenfauna besiedelt.

2019 wurde im Rahmen eines Pilotversuches die Bewertungsmethode des Bundes an einer Quelle im Saflischgebiet erprobt. Dabei wurden u.a. zwei schweizweit sehr seltene Arten nachgewiesen. Der Bund (BAFU) erarbeitet zur Zeit ein schweizweites Quelleninventar, um die national, kantonal und regional bedeutendsten Quellstandorte zu ermitteln und zu schützen. Ab 2020 werden im Perimeter des Landschaftsparks Binntal weitere Quellstandorte untersucht und beurteilt.